学校创建于1978年。2010年6月，长郡中学与芙蓉区政府深度合作，学校更名为长郡芙蓉中学，迁址到马王堆中路88号。

这是湖南省第一批由区政府与名校合作办学的学校，体现了芙蓉区委、区政府对办好芙蓉教育的高瞻远瞩和务实笃行，也拉开了芙蓉区跟四大名校集团合作的序幕。

转眼十三年。校园四季，岁月三秋，美好生长。

芙蓉国里尽朝晖，中国工程院院士袁隆平为学校题词，中国科学院院士印遇龙在学校设立创新人才院士辅导站，倾心关注人才培养。这不仅是学校荣光，更是每一位长郡芙蓉教育人努力的方向。

作为首批长郡中学托管的学校，作为长郡集团指标生完成情况最优秀校之一，长郡芙蓉中学是全省首个设立创新人才院士辅导站的学校，是湖南省唯一全国首批知识产权教育试点校，是全市唯一科技创新名师工作室落户学校，是长沙市文明标兵校园、长沙市书香校园……这是一所长郡教育集团里教育资源高度共享、教育质量领先且办学特色明显的学校。

直博中国科学院大学大气遥感专业的贺文卓是长郡芙蓉中学15届毕业生，高中就读于长郡中学，曾获“长沙市优秀青少年科技创新人才”称号。他在回忆初中母校时，感激地说：“三年成长，离不开母校培养，感恩成长路上的每一个引路人。得不到他们的谆谆教诲，何来今天的我？”

少年应有鸿鹄志,当骑骏马踏平川。校长夏琴表示，未来学校将紧贴民族复兴对高素质拔尖创新人才的大力需求，培育有创新基因的中国少年。
学校为芙蓉区科技创新校际联盟的盟主校，还先后获得全国中小学知识产权教育示范学校（湖南省唯一）、湖南省十佳科技创新学校、第三届湖南省芙蓉创新奖、长沙市科技教育特色学校、全国知识产权教育与科技创新特色学校、全国创造教育先进集体、全国地理科普教育基地、湖南省芙蓉创新奖学校或教育机构奖、湖南省中小学创造教育基地、长沙市创新教育先进单位、长沙市第32届青少年科技创新大赛优秀组织单位奖等集体荣誉称号25个。